与原型机最大的区别在于，美国空军将对EB-52的机载雷达告警接收机进行升级，并改进电力输出系统，以及安装新型大功率电子干扰吊舱等。
升级方案 根据美国空军的要求，EB-52将是一种精确、方向性很强的远距离电子攻击机。不过，虽然名为EB-52，但该型机实质上仍然只是B-52的翻版，或者称作B52J，因为它保留了B-52的轰炸能力，并且不需更多的操作人员。
EB-52作为美国空军重建独立空中电子进攻能力的标志，其重要意义自然不言而喻。从长远来看，该机所挂载的电子干扰吊舱只是美国空军未来发展计划的早期表现形式。毕竟EB-52是在服役长达近50年的老式轰炸机基础上改进而成的，性能老化、先天不足的缺点将难以弥补，因此只能成为一种过渡性的机种。
~2014年，EB-52将采用升级后的第二代电子干扰吊舱，从而具有反应性干扰能力，既具有威胁监听和在特定雷达频率上用较大功率进行干扰的能力，又可对突然出现的目标进行反制干扰。
美国军方开始考虑F/A-18E/F的改进型F/A-18G“鲈鱼”作为EA-6B的接替者，空军计划使用EB-52和EB-1执行近距干扰任务，同时诺斯罗普·格鲁门公司的“全球鹰”和通用原子公司“捕食者”无人机也将发挥重要作用。EA-18/F/A-18G将搭载EA-6B的ICAPⅢ电子战系统。
目前，美空军直属电子战中队仅有13架EC-13OH“罗盘呼叫”战术电子战飞机。在最近几场局部战争中，美国空军战机在突防时更多地是依赖海军的电子战飞机提供电子支援，由于没有装备战略电子战飞机，美国空军的战略轰炸机更是完全依赖美国海军舰载的EA-6B“徘徊者”电子战飞机为其提供护航。
